installation du package

Installation depuis gitlab

Présentation

Le package est disponible dans sa dernière version sur la forge INRAE à l’adresse suivante : (https://forgemia.inra.fr/agroclim/Indicators/OutilsPourIndicateurs/packagesr/getarir).

Il faut pour cela disposer du package remotes permettant d’installer des packages R sur des sources non officielles (Github, Gitlab). Un autre package très utile que nous allons utiliser est le package usethis

install.packages("remotes")
install.packages("usethis")
library(remotes)
library(usethis)

Ensuite on utilise la fonction install_git. Comme il est sur la forge INRAE, il faut disposer d’un accès pour pouvoir installer le package. La fonction s’ecrit comme cela :

remotes::install_git(url ="URL DU PACKAGE à installer",credentials=git2r::cred_user_pass("MON NOM D'UTILISATEUR GITLAB"),"MON TOKEN d'Accès à GITLAB")

Comme cela est pénible de rentrer son nom d’utilisateur et son token à chaque fois et surtout qu’il n’est pas recommandé d’écrire ses mots de passe en clair dans des scripts R (ou autre), nous allons voir une astuce bien pratique.

Renseigner ses information en local

Il existe un fichier caché que crée R lors de l’installation qui permet de renseigner des variables d’environnement en local, qui peuvent ensuite être utilisé dans les script. Il s’agit du fichier Renviron. On peut accéder à ce fichier directement en le cherchant dans l’arborescence des fichiers (son emplacement dépend de votre installation et de votre OS/distribution), mais le plus simple est d’utiliser

usethis::edit_r_environ()

Cela va vous ouvrir le fichier. Si vous ne l’avez jamais utilisé, il est normalement vide. Dans ce fichier vous pouvez renseigner vos variable d’environnement très simplement de la façon suivante.

GITLAB_NAME="Ppraud"
MON_TOKEN_GIT_LAB=pourquoiilneigealorsquilyaunrechauffementclimatique

Vous pouvez ensuite accéder à ces variables comme cela

Sys.getenv("GITLAB_NAME")
Sys.getenv("MON_TOKEN_GIT_LAB")

Installation avec les variables enregistrées en local

Et maintenant vous pouvez installer le package comme cela

remotes::install_git(url = "https://forgemia.inra.fr/agroclim/Indicators/OutilsPourIndicateurs/packagesr/getarir", credentials=git2r::cred_user_pass(Sys.getenv("GITLAB_NAME"), Sys.getenv("MON_TOKEN_GIT_LAB")))

Et voilà vous avez installé getariR Pensez à bien le charger avec

library(getariR)